首先，由于產品變得越來越雜，單個設計人員甚至一個小組已不能有效地進行設計，加上開發項目比較多，因此，就要采用矩陣式組織結構來完成項目。一般來說，許多大公司原有的組織結構是根據不同功能來建立的。在這種情況下，組織中的人員被劃分到不同功能組內，構成了矩陣組織圖中的垂直欄，。然后從每個功能組中選擇幾個人來完成某個項目，于是構成了矩陣組織的水平欄。這種組織形式的問題之一是，項目管理者必須依賴于從各個不同部門來的人來完成項目，但對這些人
卻幾乎無權管理。小組成員忠實于其原功能部門，因為在那里他們被考核、發酬金并得到提升。這種功能部門組織將各專業工程技術人員分開，而最顯著的是把設計人員同生產人員分隔開了。
一些公司認識到功能性結構對產品和過程設計小組的工作不利，為了克服傳統組織的這種弊端，他們正在試驗用不同的組織機構采用多功能小組來實施并行工程進行產品開發。麥道公司把矩陣結構轉動90度，這樣變成了主要是根據產品來建立企業的結構，允許產品主管人員對雇員進行考核。不僅如此，有些公司還成立了一個支持部門，主要為了維持和改進全企業范圍內協作過程中的水平橫向聯系。水平集成與過程有關，垂直集成與產品有關。
但有一些公司認為功能型組織結構并不妨礙設計工作。事實上，當子系統或元器件不是單獨通過生產線時，比如當產品兼容性和零件通用性很好時，功能型機構還是有許多優點。這些公司把在傳統組織機構中實施并行工程小組稱為傳統中的協同工作。多功能項目小組由不同功能部門的人員組成。這些小組指導并把產品和過程設計中所有技術方面集成起來，比過去項目小組有了更多的職責和權利。項目領導人掌握了更多權利，小組成員向項目領導人匯報，項目領導人再向更上一級的管理人
員匯報。很顯然，這種管理方式有可能引起職能部門管理人員的不滿，他們會認為這是對其權利的剝奪。這是在傳統組織中成功地實施并行工程小組必須克服的障礙。GDLS公司就是按功能劃分部門的，M1A2坦克并行工程實施方法取得了成功。并行工程小組起的是系統集成小組的作用，小組成員也是各個產品和過程設計小組成員。在實施過程中，負責技術數據的總工程師和M1A2項目的并行工程領導都要向同一層管理人員匯報。然而該小組的教訓是人們常以沒有足夠的政策和管理措施必須有助于在企業形成一種觀念，即并行工程和全面質量管理是每一個人的工作。
